El juego tendrá lugar en el año 29 del período ficticio "Taisho" de la franquicia en la capital de Tokio, que tendrá lugar 12 años después de Sakura Wars V. El período real de Taisho en Japón solo duró 15 años, y el kanji solía escribir "Taisho" en Sakura Wars es diferente del kanji usado para el verdadero período de Taisho.
El protagonista del juego es Seijuro Kamiyama, y lo sigue mientras lidera una "Nueva Fuerza de Asalto Imperial" cuando Kouma aparece una vez más en la capital y se crean Fuerzas de Asalto en ciudades de todo el mundo.
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